Необходимо проводить такие операции законно, потому как за этим бдительно следят налоговые органы  не только для обеспечения целей регистрации Ваших сделок и пополнения бюджета, но  и  для учета таких платежей при использовании одной из форм специального налогового режима. Поэтому  проводить платежи, используя свой банковский счет полезно, прежде всего, для Вас! А в случае возникновения споров между Вами и Вашими партнерами, оплаченные счета будут лишним доказательством выполненных обязательств.

Использовать счет Вам придется как в случае, когда Вы сами оплачиваете определенные товары и услуги, так и в том случае, когда Вы являетесь исполнителем или поставщиком таких товаров и услуг. 

Если выставили счет для оплаты Вам:

- Вы можете самостоятельно оплатить его в Банке, принеся  туда  выставленный Вам счет;

- Вы можете оплачивать все счета со своего компьютера с помощью специальной программы удаленного доступа к счету «Банк-Клиент» через  Internet.

Система «Банк-клиент» представляет собой программу, позволяющую проводить операции с денежными средствами на собственном банковском счете, не выходя из офиса. Такие программы предоставляют почти все банки. Наиболее популярны следующие системы: InterBank, разработанная компанией R-Style Softlab, и BS-Client, разработанная Bank.s Soft System. Подключение к таким системам стоит недорого — около 30$ в регионах и примерно 100 $ в Москве. В эти затраты включают в себя стоимость программного обеспечения и его установка на вашем компьютере. Некоторые банки, стараясь привлечь как можно больше клиентов, устанавливают такие системы почти бесплатно (Сбербанк России, Банк Москвы). Абонентское обслуживание в системе «Банк-клиент» обходится также недорого — около 30$. Некоторые банки ограничиваются абонентской платой, другие продолжают взимать деньги за обработку каждого документа, но берут за это на 10—20% меньше, чем за обработку бумажных платежек. Использование такой системы ускоряет обработку счета и, в случае допущенной ошибки, уведомляет Вас о ней.

В первом случае Вам придется дополнительно оплатить услуги банка, комиссии и затратить большее количество времени, а во втором - таких затрат нет, но необходимо будет  купить и установить такую программу и потратить время на ее освоение.  Какой из  вариантов лучше  использовать -  решать Вам!

Для того, чтобы выставить счет, Вы также можете воспользоваться одним из вариантов: выработать для Вашего предприятия шаблон счета  в стандартных офисных программах (Word, Excel) и вносить необходимые данные в такую форму для каждой конкретной сделки или установить специальную программу для выставления счета.

Несомненный плюс второго варианта в том, что программа будет автоматически вести учет всех совершенных сделок - это облегчит ведение бухгалтерской и налоговой отчетности, а  также, Вы легко сможете проследить оплату Ваших счетов и не бояться, что в результате допущенной ошибки в счете, Ваши деньги «уйдут» на другой счет.

Минусом, в  свою очередь, является необходимость затраты денежных средств на оплату такой системы, так как большинство компаний предлагают программу на возмездной основе,  и обучение персонала с работой с ней. Примерами таких программ могут служить следующие: 24com, Радософт Документы 6, QuickBooks, WebMoney Keeper Classic.  Вот некоторые бесплатные программы по выставлению счета: Freshbooks, Cashboard, Zoho Invoice, WorkingPoint и т.д.

Любой счет, будь он выставлен в электронном виде или на бумажном носителе, должен содержать следующие реквизиты: сведения о юр. лице или ИП (название, организационно- правовая форма, ИНН, юридический адрес), банковские реквизиты (расчетный счет, банк, его местонахождение, БИК, к/с), коды (по ОКОНХ, по ОКПО). Что касается печати, то она не является обязательной для такого вида документов. Согласно принципу свободы договоров, Вы можете предусмотреть условие, согласно которому Вы обязуетесь скреплять счета печатью. В таком случае на Вас будут распространяться последствия несовершения простой письменной сделки (соответственно, если вы печать не поставите).

Как правило, счет делается в 1 экземпляре, который потом и передается другой стороне на оплату.